تقوم شعبة الوثائق بواجب حفظ وجمع الوثائق المتعلقة بمدن محافظة صلاح الدين وفهرستها وحفظها من اجل تمكين الباحثين والمختصين من الاستفادة منها في البحث العلمي حيث ان الشعبة تظم عدد كبير جدا من الوثائق والمخطوطات القديمة عن سائر مدن محافظة صلاح الدين وتم مؤخرا جلب مئات الكتب والوثائق من الأرشيف العثماني في إسطنبول وتسعى الشعبة الى توفير الوثائق الاصلية المحققة وغير المحققة عن مدن المحافظة من خلال التعاون الوثيق مع المركز الوطني للوثائق والمراكز الوثائقية الأخرى في جامعات العراق كافة كما وتعمل على توثيق المعالم التاريخية لمدن المحافظة بالتنسيق مع مديرية الاثار والتراث . ومن أنشطة الشعبة القيام بمعرض دائم للوثائق والمخطوطات في بناية المركز ويضم هذا المعرض المخطوطات المحققة وغير المحققة التي تمتلكها الشعبة .

تتكون شعبة الوثائق من الوحدات الاتية :

• وحدة الوثائق   
• وحدة المخطوطات
• وحدة الأرشيف